Menschen infizieren sich mit dem Virus durch einen Mückenstich von Aedes-Mücken (Aedes albopictus und A. aegypti). Die Infektion kann jedoch auch mit unspezifischen Symptomen einhergehen, die mit Dengue verwechselt werden können, wie Kopfschmerzen, Hautausschlag und Myalgie. Freie Virionen werden über das Blut in die Leber (Hepatozyten-Apoptose), die Muskeln, die Gelenke und die sekundären Lymphorgane (Adenopathie) transportiert, wo sich das Virus repliziert. Die Virusvermehrung geht mit einer Infiltration mononukleärer Zellen, einschließlich Makrophagen, einher, die den lähmenden Schmerzen in den Muskeln und Gelenken zugrunde liegt, die Monate bis Jahre nach der Infektion anhalten können. Ein kleiner Prozentsatz der infizierten Personen bleibt asymptomatisch, was bei Patienten unter 25 Jahren häufiger der Fall ist. Ein Alter von über 40 Jahren ist ein Risikofaktor für eine Chronifizierung der Symptome. Enzephalitis, Guillain-Barre-Syndrom und Arthritis sind seltene Komplikationen einer Infektion mit dem Chikungya-Virus.