Die Ursache von Ganglienzysten ist nicht bekannt. Eine Theorie besagt, dass ein Trauma dazu führt, dass das Gewebe des Gelenks zusammenbricht und kleine Zysten bildet, die sich dann zu einer größeren, auffälligen Masse verbinden. Die wahrscheinlichste Theorie geht von einem Defekt in der Gelenkkapsel oder der Sehnenhülle aus, durch den sich das Gelenkgewebe vorwölben kann.