Las enfermedades parasitarias se definen como aquellas causadas por protozoos o helmintos. La fisiopatología de las enfermedades causadas por estos organismos está determinada por su ciclo de vida. Los mecanismos de producción de diarrea por protozoos intestinales están relacionados con efectos citotóxicos directos, la capacidad de invasión y/o efectos de la respuesta inmune sobre el epitelio intestinal. No hay evidencia que sugiera que los protozoos intestinales produzcan enterotoxinas.